Podolec byl od dávných dob přezíranou částí města. V druhé polovině 19. století se na Podolec nastěhovali lidé, kteří pracovali jako dělníci ve zdejších továrnách. Zlepšení pověsti se podolečtí dočkali až souhlasem daným k výstavbě školy. Jednání ovšem trvala přes 20 let.
O výstavbě škola se začalo jednat kolem roku 1900. I když bylo zjevné, že nová školní budova je pro boleslavské školství více než potřebná, byl počátek stavby neustále odkládán a později přerušen z důvodu průběhu 1. světové války. Zásluhou podoleckých baráčníků byla jednání v roce 1920 obnovena. Roku 1922 odkoupili od pana Límana pole za 18 036 K. Po deších peripetiích byl v květnu 1926 položen základní kámen 3. obecné školy dívčí a chlapecké. Stavba školní budovy byla zadána mladoboleslavskému staviteli Karlu Dlouhému. Tehdejší rozpočet byl 1 306 536 K 61 h. V srpnu byla budova dokončena a v neděli 4. září 1927 slavnostně otevřena. První rok bylo zapsáno na chlapecké 182 žáků a na dívčí škole 193 žákyň. Velké zásluhy na postavení Masarykovy školy měl ředitel pan Karel Martínek.
Léta ve školní budově poklidně plynula až do doby 2. světové války, kdy se musely řešit vážné problémy. Již před začátkem války byly mladoboleslavské školy přeplněny německými a českými uprchlíky ze Sudet. Státní zásahy do výuky a problémy spojené s válkou ztrpčovaly život učitelům a žákům. Do budovy Svatovítské ulici byl přemístěn školní inspektorát, tím ubylo prostoru pro výuku. Později Masarykově škole se nevyučovalo z důvodu nedostatku topiva, rozšiřujících se nemocí např. obrny. Nejdelší období, kdy nemohla výuka probíhat, bylo období od 29. 4. do 28. 6. 2941. V této době byla zabrána budova pro vojenské účely. Výuka probíhala v různých mladoboleslavských prostorách. V říjnu 1942 byly přiřazeny do naší školy žáci z jedné a v roce 1945 ze všech mladoboleslavských škol. V budově školy byly zřízeny dva protiletecké kryty. pro dívky ve sprchách a pro chlapce ve sklepě. Vyučování bylo značně problematické a náročné, jelikož se vyučovalo na směny. Ke konci války byla naše škola na přechodnou dobu uzavřena a použita jako přechodné ubytování válečných uprchlíků. V dubnu 1945 se přestalo vyučovat úplně i v budově Masarykovy školy, jelikož měla být využita pro vojenské účely. Naštěstí válka trvala již jen několik týdnů. 1. září 1953 byla 3. obecná škola dívčí a chlapecká přejmenována na 4. základní školu a od roku 1990 byla doplněna o jméno prezidenta T. G. Masaryka. Od roku 2003 byla škola integrována s přilehlou mateřskou školou a školní jídelnou.